0000: 23 69 6e 63 6c 75 64 65 20 3c 69 6f 73 74 72 65 #include <iostre
0010: 61 6d 3e 0d 0a 23 69 6e 63 6c 75 64 65 20 3c 73 am>..#include <s
0020: 73 74 72 65 61 6d 3e 0d 0a 23 69 6e 63 6c 75 64 stream>..#includ
0030: 65 20 3c 69 6f 6d 61 6e 69 70 3e 0d 0a 23 69 6e e <iomanip>..#in
0040: 63 6c 75 64 65 20 3c 76 65 63 74 6f 72 3e 0d 0a clude <vector>..
0050: 23 69 6e 63 6c 75 64 65 20 3c 73 74 72 69 6e 67 #include <string
0060: 3e 0d 0a 23 69 6e 63 6c 75 64 65 20 3c 6d 61 70 >..#include <map
0070: 3e 0d 0a 23 69 6e 63 6c 75 64 65 20 3c 73 65 74 >..#include <set
0080: 3e 0d 0a 23 69 6e 63 6c 75 64 65 20 3c 61 6c 67 >..#include <alg
0090: 6f 72 69 74 68 6d 3e 0d 0a 23 69 6e 63 6c 75 64 orithm>..#includ
00a0: 65 20 3c 6e 75 6d 65 72 69 63 3e 0d 0a 23 69 6e e <numeric>..#in
00b0: 63 6c 75 64 65 20 3c 69 74 65 72 61 74 6f 72 3e clude <iterator>
00c0: 0d 0a 23 69 6e 63 6c 75 64 65 20 3c 63 6f 6d 70 ..#include <comp
00d0: 6c 65 78 3e 0d 0a 23 69 6e 63 6c 75 64 65 20 3c lex>..#include <
00e0: 71 75 65 75 65 3e 0d 0a 23 69 6e 63 6c 75 64 65 queue>..#include
00f0: 20 3c 73 74 61 63 6b 3e 0d 0a 23 69 6e 63 6c 75 <stack>..#inclu
0100: 64 65 20 3c 63 6d 61 74 68 3e 0d 0a 23 69 6e 63 de <cmath>..#inc
0110: 6c 75 64 65 20 3c 63 61 73 73 65 72 74 3e 0d 0a lude <cassert>..
0120: 23 69 6e 63 6c 75 64 65 20 3c 63 73 74 72 69 6e #include <cstrin
0130: 67 3e 0d 0a 75 73 69 6e 67 20 6e 61 6d 65 73 70 g>..using namesp
0140: 61 63 65 20 73 74 64 3b 0d 0a 74 79 70 65 64 65 ace std;..typede
0150: 66 20 6c 6f 6e 67 20 6c 6f 6e 67 20 4c 4c 3b 0d f long long LL;.
0160: 0a 0d 0a 73 74 61 74 69 63 20 63 6f 6e 73 74 20 ...static const
0170: 4c 4c 20 4d 4f 44 56 41 4c 20 3d 20 31 30 30 30 LL MODVAL = 1000
0180: 30 30 30 30 30 37 3b 0d 0a 0d 0a 63 6c 61 73 73 000007;....class
0190: 20 44 4e 41 44 65 6c 65 74 69 6f 6e 20 7b 0d 0a DNADeletion {..
01a0: 70 75 62 6c 69 63 3a 0d 0a 09 69 6e 74 20 64 69 public:...int di
01b0: 66 66 65 72 65 6e 74 50 72 6f 74 65 69 6e 73 28 fferentProteins(
01c0: 76 65 63 74 6f 72 20 3c 73 74 72 69 6e 67 3e 20 vector <string>
01d0: 44 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 2c 20 76 65 63 DNASequence, vec
01e0: 74 6f 72 20 3c 73 74 72 69 6e 67 3e 20 63 6f 64 tor <string> cod
01f0: 6f 6e 54 61 62 6c 65 29 20 0d 0a 09 7b 0d 0a 09 onTable) ...{...
0200: 09 73 74 72 69 6e 67 20 64 6e 61 3b 0d 0a 09 09 .string dna;....
0210: 66 6f 72 28 69 6e 74 20 69 3d 30 3b 20 69 3c 44 for(int i=0; i<D
0220: 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 2e 73 69 7a 65 28 NASequence.size(
0230: 29 3b 20 2b 2b 69 29 20 64 6e 61 20 2b 3d 20 44 ); ++i) dna += D
0240: 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 5b 69 5d 3b 0d 0a NASequence[i];..
0250: 09 09 69 6e 74 20 4e 20 3d 20 64 6e 61 2e 73 69 ..int N = dna.si
0260: 7a 65 28 29 3b 0d 0a 0d 0a 09 09 76 65 63 74 6f ze();......vecto
0270: 72 3c 73 74 72 69 6e 67 3e 20 63 4c 2c 20 63 52 r<string> cL, cR
0280: 3b 0d 0a 09 09 66 6f 72 28 69 6e 74 20 69 3d 30 ;....for(int i=0
0290: 3b 20 69 3c 63 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 2e 73 ; i<codonTable.s
02a0: 69 7a 65 28 29 3b 20 2b 2b 69 29 20 7b 0d 0a 09 ize(); ++i) {...
02b0: 09 09 73 74 72 69 6e 67 73 74 72 65 61 6d 20 73 ..stringstream s
02c0: 69 6e 28 63 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 5b 69 5d in(codonTable[i]
02d0: 29 3b 0d 0a 09 09 09 73 74 72 69 6e 67 20 73 2c );.....string s,
02e0: 20 74 3b 20 73 69 6e 3e 3e 73 3e 3e 74 3b 0d 0a t; sin>>s>>t;..
02f0: 09 09 09 63 4c 2e 70 75 73 68 5f 62 61 63 6b 28 ...cL.push_back(
0300: 73 29 3b 0d 0a 09 09 09 63 52 2e 70 75 73 68 5f s);.....cR.push_
0310: 62 61 63 6b 28 74 29 3b 0d 0a 09 09 7d 0d 0a 09 back(t);....}...
0320: 09 69 6e 74 20 4d 20 3d 20 63 4c 2e 73 69 7a 65 .int M = cL.size
0330: 28 29 3b 0d 0a 0d 0a 0d 0a 09 09 76 65 63 74 6f ();........vecto
0340: 72 3c 4c 4c 3e 20 64 70 28 4e 2b 31 29 3b 20 64 r<LL> dp(N+1); d
0350: 70 5b 30 5d 20 3d 20 31 3b 0d 0a 09 09 66 6f 72 p[0] = 1;....for
0360: 28 69 6e 74 20 69 3d 30 3b 20 69 3c 4e 3b 20 2b (int i=0; i<N; +
0370: 2b 69 29 0d 0a 09 09 7b 0d 0a 09 09 09 2f 2f 20 +i)....{.....//
0380: 74 68 65 72 65 27 73 20 64 70 5b 69 5d 20 77 61 there's dp[i] wa
0390: 79 73 20 74 6f 20 67 65 6e 65 72 61 74 65 20 73 ys to generate s
03a0: 6f 6d 65 20 61 6d 69 6e 6f 73 65 71 20 66 72 6f ome aminoseq fro
03b0: 6d 20 64 6e 61 5b 30 2e 2e 2e 69 5d 0d 0a 0d 0a m dna[0...i]....
03c0: 09 09 09 76 65 63 74 6f 72 3c 69 6e 74 3e 20 70 ...vector<int> p
03d0: 28 4d 29 3b 0d 0a 0d 0a 09 09 09 73 65 74 3c 73 (M);.......set<s
03e0: 74 72 69 6e 67 3e 20 64 6f 6e 65 3b 0d 0a 09 09 tring> done;....
03f0: 09 66 6f 72 28 69 6e 74 20 6a 3d 69 3b 20 6a 3c .for(int j=i; j<
0400: 64 6e 61 2e 73 69 7a 65 28 29 3b 20 2b 2b 6a 29 dna.size(); ++j)
0410: 0d 0a 09 09 09 7b 0d 0a 09 09 09 09 66 6f 72 28 .....{......for(
0420: 69 6e 74 20 6b 3d 30 3b 20 6b 3c 4d 3b 20 2b 2b int k=0; k<M; ++
0430: 6b 29 0d 0a 09 09 09 09 09 69 66 28 20 70 5b 6b k).......if( p[k
0440: 5d 3c 33 20 26 26 20 64 6e 61 5b 6a 5d 3d 3d 63 ]<3 && dna[j]==c
0450: 4c 5b 6b 5d 5b 70 5b 6b 5d 5d 20 29 20 7b 0d 0a L[k][p[k]] ) {..
0460: 09 09 09 09 09 09 70 5b 6b 5d 2b 2b 3b 0d 0a 09 ......p[k]++;...
0470: 09 09 09 09 09 69 66 28 20 70 5b 6b 5d 3d 3d 33 .....if( p[k]==3
0480: 20 26 26 20 21 64 6f 6e 65 2e 63 6f 75 6e 74 28 && !done.count(
0490: 63 52 5b 6b 5d 29 20 29 20 7b 0d 0a 09 09 09 09 cR[k]) ) {......
04a0: 09 09 09 64 6f 6e 65 2e 69 6e 73 65 72 74 28 63 ...done.insert(c
04b0: 52 5b 6b 5d 29 3b 0d 0a 09 09 09 09 09 09 09 64 R[k]);.........d
04c0: 70 5b 6a 2b 31 5d 20 3d 20 28 64 70 5b 6a 2b 31 p[j+1] = (dp[j+1
04d0: 5d 20 2b 20 64 70 5b 69 5d 29 20 25 20 4d 4f 44 ] + dp[i]) % MOD
04e0: 56 41 4c 3b 0d 0a 09 09 09 09 09 09 7d 0d 0a 09 VAL;........}...
04f0: 09 09 09 09 7d 0d 0a 09 09 09 7d 0d 0a 09 09 7d ....}.....}....}
0500: 0d 0a 0d 0a 09 09 4c 4c 20 6e 20 3d 20 28 61 63 ......LL n = (ac
0510: 63 75 6d 75 6c 61 74 65 28 64 70 2e 62 65 67 69 cumulate(dp.begi
0520: 6e 28 29 2c 20 64 70 2e 65 6e 64 28 29 2c 20 30 n(), dp.end(), 0
0530: 4c 4c 29 20 2d 20 31 29 20 25 20 4d 4f 44 56 41 LL) - 1) % MODVA
0540: 4c 3b 0d 0a 09 09 72 65 74 75 72 6e 20 69 6e 74 L;....return int
0550: 28 6e 29 3b 0d 0a 09 7d 0d 0a 7d 3b 0d 0a 0d 0a (n);...}..};....
0560: 2f 2f 20 42 45 47 49 4e 20 43 55 54 20 48 45 52 // BEGIN CUT HER
0570: 45 0d 0a 23 69 6e 63 6c 75 64 65 20 3c 63 74 69 E..#include <cti
0580: 6d 65 3e 0d 0a 64 6f 75 62 6c 65 20 73 74 61 72 me>..double star
0590: 74 5f 74 69 6d 65 3b 73 74 72 69 6e 67 20 74 69 t_time;string ti
05a0: 6d 65 72 28 29 20 7b 20 6f 73 74 72 69 6e 67 73 mer() { ostrings
05b0: 74 72 65 61 6d 20 6f 73 3b 20 6f 73 20 3c 3c 20 tream os; os <<
05c0: 22 20 28 22 20 3c 3c 20 69 6e 74 28 28 63 6c 6f " (" << int((clo
05d0: 63 6b 28 29 2d 73 74 61 72 74 5f 74 69 6d 65 29 ck()-start_time)
05e0: 2f 43 4c 4f 43 4b 53 5f 50 45 52 5f 53 45 43 2a /CLOCKS_PER_SEC*
05f0: 31 30 30 30 29 20 3c 3c 20 22 20 6d 73 65 63 29 1000) << " msec)
0600: 22 3b 20 72 65 74 75 72 6e 20 6f 73 2e 73 74 72 "; return os.str
0610: 28 29 3b 20 7d 0d 0a 0d 0a 74 65 6d 70 6c 61 74 (); }....templat
0620: 65 20 3c 74 79 70 65 6e 61 6d 65 20 54 3e 20 73 e <typename T> s
0630: 74 72 69 6e 67 20 70 72 69 6e 74 5f 61 72 72 61 tring print_arra
0640: 79 28 63 6f 6e 73 74 20 76 65 63 74 6f 72 3c 54 y(const vector<T
0650: 3e 20 26 56 29 20 7b 20 6f 73 74 72 69 6e 67 73 > &V) { ostrings
0660: 74 72 65 61 6d 20 6f 73 3b 20 6f 73 20 3c 3c 20 tream os; os <<
0670: 22 7b 20 22 3b 20 66 6f 72 20 28 74 79 70 65 6e "{ "; for (typen
0680: 61 6d 65 20 76 65 63 74 6f 72 3c 54 3e 3a 3a 63 ame vector<T>::c
0690: 6f 6e 73 74 5f 69 74 65 72 61 74 6f 72 20 69 74 onst_iterator it
06a0: 65 72 20 3d 20 56 2e 62 65 67 69 6e 28 29 3b 20 er = V.begin();
06b0: 69 74 65 72 20 21 3d 20 56 2e 65 6e 64 28 29 3b iter != V.end();
06c0: 20 2b 2b 69 74 65 72 29 20 6f 73 20 3c 3c 20 27 ++iter) os << '
06d0: 5c 22 27 20 3c 3c 20 2a 69 74 65 72 20 3c 3c 20 \"' << *iter <<
06e0: 22 5c 22 2c 22 3b 20 6f 73 20 3c 3c 20 22 20 7d "\","; os << " }
06f0: 22 3b 20 72 65 74 75 72 6e 20 6f 73 2e 73 74 72 "; return os.str
0700: 28 29 3b 20 7d 0d 0a 69 6e 74 20 76 65 72 69 66 (); }..int verif
0710: 79 5f 63 61 73 65 28 63 6f 6e 73 74 20 69 6e 74 y_case(const int
0720: 20 26 45 78 70 65 63 74 65 64 2c 20 63 6f 6e 73 &Expected, cons
0730: 74 20 69 6e 74 20 26 52 65 63 65 69 76 65 64 29 t int &Received)
0740: 20 7b 20 69 66 20 28 45 78 70 65 63 74 65 64 20 { if (Expected
0750: 3d 3d 20 52 65 63 65 69 76 65 64 29 20 63 65 72 == Received) cer
0760: 72 20 3c 3c 20 22 50 41 53 53 45 44 22 20 3c 3c r << "PASSED" <<
0770: 20 74 69 6d 65 72 28 29 20 3c 3c 20 65 6e 64 6c timer() << endl
0780: 3b 20 65 6c 73 65 20 7b 20 63 65 72 72 20 3c 3c ; else { cerr <<
0790: 20 22 46 41 49 4c 45 44 22 20 3c 3c 20 74 69 6d "FAILED" << tim
07a0: 65 72 28 29 20 3c 3c 20 65 6e 64 6c 3b 20 63 65 er() << endl; ce
07b0: 72 72 20 3c 3c 20 22 5c 74 45 78 70 65 63 74 65 rr << "\tExpecte
07c0: 64 3a 20 5c 22 22 20 3c 3c 20 45 78 70 65 63 74 d: \"" << Expect
07d0: 65 64 20 3c 3c 20 27 5c 22 27 20 3c 3c 20 65 6e ed << '\"' << en
07e0: 64 6c 3b 20 63 65 72 72 20 3c 3c 20 22 5c 74 52 dl; cerr << "\tR
07f0: 65 63 65 69 76 65 64 3a 20 5c 22 22 20 3c 3c 20 eceived: \"" <<
0800: 52 65 63 65 69 76 65 64 20 3c 3c 20 27 5c 22 27 Received << '\"'
0810: 20 3c 3c 20 65 6e 64 6c 3b 20 7d 20 72 65 74 75 << endl; } retu
0820: 72 6e 20 30 3b 7d 0d 0a 0d 0a 74 65 6d 70 6c 61 rn 0;}....templa
0830: 74 65 3c 69 6e 74 20 4e 3e 20 73 74 72 75 63 74 te<int N> struct
0840: 20 43 61 73 65 5f 20 7b 20 43 61 73 65 5f 28 29 Case_ { Case_()
0850: 7b 73 74 61 72 74 5f 74 69 6d 65 3d 63 6c 6f 63 {start_time=cloc
0860: 6b 28 29 3b 7d 20 7d 3b 0d 0a 63 68 61 72 20 54 k();} };..char T
0870: 65 73 74 5f 28 2e 2e 2e 29 3b 0d 0a 69 6e 74 20 est_(...);..int
0880: 54 65 73 74 5f 28 43 61 73 65 5f 3c 30 3e 29 20 Test_(Case_<0>)
0890: 7b 0d 0a 09 73 74 72 69 6e 67 20 44 4e 41 53 65 {...string DNASe
08a0: 71 75 65 6e 63 65 5f 5b 5d 20 3d 20 7b 22 41 43 quence_[] = {"AC
08b0: 54 47 22 7d 3b 0d 0a 09 20 20 76 65 63 74 6f 72 TG"};... vector
08c0: 20 3c 73 74 72 69 6e 67 3e 20 44 4e 41 53 65 71 <string> DNASeq
08d0: 75 65 6e 63 65 28 44 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 uence(DNASequenc
08e0: 65 5f 2c 20 44 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 5f e_, DNASequence_
08f0: 2b 73 69 7a 65 6f 66 28 44 4e 41 53 65 71 75 65 +sizeof(DNASeque
0900: 6e 63 65 5f 29 2f 73 69 7a 65 6f 66 28 2a 44 4e nce_)/sizeof(*DN
0910: 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 5f 29 29 3b 20 0d 0a ASequence_)); ..
0920: 09 73 74 72 69 6e 67 20 63 6f 64 6f 6e 54 61 62 .string codonTab
0930: 6c 65 5f 5b 5d 20 3d 20 7b 22 41 43 54 20 67 75 le_[] = {"ACT gu
0940: 61 22 2c 20 22 41 43 47 20 63 79 73 22 2c 20 22 a", "ACG cys", "
0950: 41 54 47 20 6c 65 75 22 2c 20 22 43 54 47 20 74 ATG leu", "CTG t
0960: 68 72 22 7d 3b 0d 0a 09 20 20 76 65 63 74 6f 72 hr"};... vector
0970: 20 3c 73 74 72 69 6e 67 3e 20 63 6f 64 6f 6e 54 <string> codonT
0980: 61 62 6c 65 28 63 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 5f able(codonTable_
0990: 2c 20 63 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 5f 2b 73 69 , codonTable_+si
09a0: 7a 65 6f 66 28 63 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 5f zeof(codonTable_
09b0: 29 2f 73 69 7a 65 6f 66 28 2a 63 6f 64 6f 6e 54 )/sizeof(*codonT
09c0: 61 62 6c 65 5f 29 29 3b 20 0d 0a 09 69 6e 74 20 able_)); ...int
09d0: 52 65 74 56 61 6c 20 3d 20 34 3b 20 0d 0a 09 72 RetVal = 4; ...r
09e0: 65 74 75 72 6e 20 76 65 72 69 66 79 5f 63 61 73 eturn verify_cas
09f0: 65 28 52 65 74 56 61 6c 2c 20 44 4e 41 44 65 6c e(RetVal, DNADel
0a00: 65 74 69 6f 6e 28 29 2e 64 69 66 66 65 72 65 6e etion().differen
0a10: 74 50 72 6f 74 65 69 6e 73 28 44 4e 41 53 65 71 tProteins(DNASeq
0a20: 75 65 6e 63 65 2c 20 63 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c uence, codonTabl
0a30: 65 29 29 3b 20 7d 0d 0a 69 6e 74 20 54 65 73 74 e)); }..int Test
0a40: 5f 28 43 61 73 65 5f 3c 31 3e 29 20 7b 0d 0a 09 _(Case_<1>) {...
0a50: 73 74 72 69 6e 67 20 44 4e 41 53 65 71 75 65 6e string DNASequen
0a60: 63 65 5f 5b 5d 20 3d 20 7b 22 41 41 41 43 43 43 ce_[] = {"AAACCC
0a70: 22 7d 3b 0d 0a 09 20 20 76 65 63 74 6f 72 20 3c "};... vector <
0a80: 73 74 72 69 6e 67 3e 20 44 4e 41 53 65 71 75 65 string> DNASeque
0a90: 6e 63 65 28 44 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 5f nce(DNASequence_
0aa0: 2c 20 44 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 5f 2b 73 , DNASequence_+s
0ab0: 69 7a 65 6f 66 28 44 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 izeof(DNASequenc
0ac0: 65 5f 29 2f 73 69 7a 65 6f 66 28 2a 44 4e 41 53 e_)/sizeof(*DNAS
0ad0: 65 71 75 65 6e 63 65 5f 29 29 3b 20 0d 0a 09 73 equence_)); ...s
0ae0: 74 72 69 6e 67 20 63 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 tring codonTable
0af0: 5f 5b 5d 20 3d 20 7b 22 41 41 41 20 74 68 72 22 _[] = {"AAA thr"
0b00: 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 7d 3b 0d 0a 09 , "CCC cys"};...
0b10: 20 20 76 65 63 74 6f 72 20 3c 73 74 72 69 6e 67 vector <string
0b20: 3e 20 63 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 28 63 6f 64 > codonTable(cod
0b30: 6f 6e 54 61 62 6c 65 5f 2c 20 63 6f 64 6f 6e 54 onTable_, codonT
0b40: 61 62 6c 65 5f 2b 73 69 7a 65 6f 66 28 63 6f 64 able_+sizeof(cod
0b50: 6f 6e 54 61 62 6c 65 5f 29 2f 73 69 7a 65 6f 66 onTable_)/sizeof
0b60: 28 2a 63 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 5f 29 29 3b (*codonTable_));
0b70: 20 0d 0a 09 69 6e 74 20 52 65 74 56 61 6c 20 3d ...int RetVal =
0b80: 20 33 3b 20 0d 0a 09 72 65 74 75 72 6e 20 76 65 3; ...return ve
0b90: 72 69 66 79 5f 63 61 73 65 28 52 65 74 56 61 6c rify_case(RetVal
0ba0: 2c 20 44 4e 41 44 65 6c 65 74 69 6f 6e 28 29 2e , DNADeletion().
0bb0: 64 69 66 66 65 72 65 6e 74 50 72 6f 74 65 69 6e differentProtein
0bc0: 73 28 44 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 2c 20 63 s(DNASequence, c
0bd0: 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 29 29 3b 20 7d 0d 0a odonTable)); }..
0be0: 69 6e 74 20 54 65 73 74 5f 28 43 61 73 65 5f 3c int Test_(Case_<
0bf0: 32 3e 29 20 7b 0d 0a 09 73 74 72 69 6e 67 20 44 2>) {...string D
0c00: 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 5f 5b 5d 20 3d 20 NASequence_[] =
0c10: 7b 22 41 41 41 54 43 43 43 22 7d 3b 0d 0a 09 20 {"AAATCCC"};...
0c20: 20 76 65 63 74 6f 72 20 3c 73 74 72 69 6e 67 3e vector <string>
0c30: 20 44 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 28 44 4e 41 DNASequence(DNA
0c40: 53 65 71 75 65 6e 63 65 5f 2c 20 44 4e 41 53 65 Sequence_, DNASe
0c50: 71 75 65 6e 63 65 5f 2b 73 69 7a 65 6f 66 28 44 quence_+sizeof(D
0c60: 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 5f 29 2f 73 69 7a NASequence_)/siz
0c70: 65 6f 66 28 2a 44 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 eof(*DNASequence
0c80: 5f 29 29 3b 20 0d 0a 09 73 74 72 69 6e 67 20 63 _)); ...string c
0c90: 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 5f 5b 5d 20 3d 20 7b odonTable_[] = {
0ca0: 22 41 41 41 20 67 75 61 22 2c 22 54 43 43 20 64 "AAA gua","TCC d
0cb0: 6f 70 22 2c 22 41 41 54 20 64 6f 70 22 2c 22 43 op","AAT dop","C
0cc0: 43 43 20 67 75 61 22 7d 3b 0d 0a 09 20 20 76 65 CC gua"};... ve
0cd0: 63 74 6f 72 20 3c 73 74 72 69 6e 67 3e 20 63 6f ctor <string> co
0ce0: 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 28 63 6f 64 6f 6e 54 61 donTable(codonTa
0cf0: 62 6c 65 5f 2c 20 63 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 ble_, codonTable
0d00: 5f 2b 73 69 7a 65 6f 66 28 63 6f 64 6f 6e 54 61 _+sizeof(codonTa
0d10: 62 6c 65 5f 29 2f 73 69 7a 65 6f 66 28 2a 63 6f ble_)/sizeof(*co
0d20: 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 5f 29 29 3b 20 0d 0a 09 donTable_)); ...
0d30: 69 6e 74 20 52 65 74 56 61 6c 20 3d 20 35 3b 20 int RetVal = 5;
0d40: 0d 0a 09 72 65 74 75 72 6e 20 76 65 72 69 66 79 ...return verify
0d50: 5f 63 61 73 65 28 52 65 74 56 61 6c 2c 20 44 4e _case(RetVal, DN
0d60: 41 44 65 6c 65 74 69 6f 6e 28 29 2e 64 69 66 66 ADeletion().diff
0d70: 65 72 65 6e 74 50 72 6f 74 65 69 6e 73 28 44 4e erentProteins(DN
0d80: 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 2c 20 63 6f 64 6f 6e ASequence, codon
0d90: 54 61 62 6c 65 29 29 3b 20 7d 0d 0a 69 6e 74 20 Table)); }..int
0da0: 54 65 73 74 5f 28 43 61 73 65 5f 3c 33 3e 29 20 Test_(Case_<3>)
0db0: 7b 0d 0a 09 73 74 72 69 6e 67 20 44 4e 41 53 65 {...string DNASe
0dc0: 71 75 65 6e 63 65 5f 5b 5d 20 3d 20 7b 22 41 54 quence_[] = {"AT
0dd0: 47 43 47 43 41 54 54 41 41 43 43 54 43 43 54 41 GCGCATTAACCTCCTA
0de0: 43 43 41 54 47 47 41 41 47 47 47 41 43 47 54 41 CCATGGAAGGGACGTA
0df0: 41 43 43 43 47 47 43 41 41 54 54 54 47 41 54 43 ACCCGGCAATTTGATC
0e00: 22 2c 0d 0a 20 22 43 54 47 41 54 47 41 43 47 47 ",.. "CTGATGACGG
0e10: 43 41 54 41 41 47 43 54 41 43 43 43 43 54 41 47 CATAAGCTACCCCTAG
0e20: 41 47 47 54 41 41 41 41 41 54 47 43 41 54 41 43 AGGTAAAAATGCATAC
0e30: 54 47 43 47 54 47 43 54 22 2c 0d 0a 20 22 41 54 TGCGTGCT",.. "AT
0e40: 47 43 41 47 22 7d 3b 0d 0a 09 20 20 76 65 63 74 GCAG"};... vect
0e50: 6f 72 20 3c 73 74 72 69 6e 67 3e 20 44 4e 41 53 or <string> DNAS
0e60: 65 71 75 65 6e 63 65 28 44 4e 41 53 65 71 75 65 equence(DNASeque
0e70: 6e 63 65 5f 2c 20 44 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 nce_, DNASequenc
0e80: 65 5f 2b 73 69 7a 65 6f 66 28 44 4e 41 53 65 71 e_+sizeof(DNASeq
0e90: 75 65 6e 63 65 5f 29 2f 73 69 7a 65 6f 66 28 2a uence_)/sizeof(*
0ea0: 44 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 5f 29 29 3b 20 DNASequence_));
0eb0: 0d 0a 09 73 74 72 69 6e 67 20 63 6f 64 6f 6e 54 ...string codonT
0ec0: 61 62 6c 65 5f 5b 5d 20 3d 20 7b 22 41 41 43 20 able_[] = {"AAC
0ed0: 52 70 6a 5a 74 22 2c 22 41 41 54 20 5a 65 69 43 RpjZt","AAT ZeiC
0ee0: 22 2c 22 47 43 41 20 43 68 5a 77 68 22 2c 22 54 ","GCA ChZwh","T
0ef0: 43 43 20 52 70 6a 5a 74 22 2c 22 47 41 41 20 49 CC RpjZt","GAA I
0f00: 22 2c 0d 0a 20 22 54 41 47 20 5a 65 69 43 22 2c ",.. "TAG ZeiC",
0f10: 22 43 54 47 20 64 56 4b 22 2c 22 47 41 47 20 5a "CTG dVK","GAG Z
0f20: 65 69 43 22 2c 22 47 54 47 20 49 22 2c 22 41 41 eiC","GTG I","AA
0f30: 47 20 71 22 2c 22 41 54 54 20 64 56 4b 22 2c 0d G q","ATT dVK",.
0f40: 0a 20 22 41 47 41 20 63 4a 45 6a 4d 22 2c 22 47 . "AGA cJEjM","G
0f50: 47 47 20 4b 4f 4e 55 64 22 2c 22 47 54 43 20 5a GG KONUd","GTC Z
0f60: 52 56 22 2c 22 47 47 43 20 5a 65 69 43 22 2c 22 RV","GGC ZeiC","
0f70: 54 54 41 20 4b 4f 4e 55 64 22 2c 0d 0a 20 22 47 TTA KONUd",.. "G
0f80: 41 43 20 71 22 2c 22 43 43 41 20 71 22 2c 22 47 AC q","CCA q","G
0f90: 43 43 20 5a 52 56 22 2c 22 47 43 47 20 52 70 6a CC ZRV","GCG Rpj
0fa0: 5a 74 22 2c 22 43 43 54 20 5a 52 56 22 2c 22 41 Zt","CCT ZRV","A
0fb0: 54 47 20 64 56 4b 22 2c 0d 0a 20 22 41 54 43 20 TG dVK",.. "ATC
0fc0: 43 68 5a 77 68 22 2c 22 43 54 43 20 63 4a 45 6a ChZwh","CTC cJEj
0fd0: 4d 22 2c 22 43 43 43 20 71 22 2c 22 41 54 41 20 M","CCC q","ATA
0fe0: 64 57 6a 7a 22 2c 22 54 54 47 20 44 6b 45 47 22 dWjz","TTG DkEG"
0ff0: 2c 0d 0a 20 22 43 41 47 20 71 22 2c 22 43 41 41 ,.. "CAG q","CAA
1000: 20 5a 52 56 22 2c 22 41 43 54 20 64 56 4b 22 2c ZRV","ACT dVK",
1010: 22 54 43 47 20 64 56 4b 22 2c 22 41 43 43 20 49 "TCG dVK","ACC I
1020: 22 2c 22 43 47 43 20 64 56 4b 22 7d 3b 0d 0a 09 ","CGC dVK"};...
1030: 20 20 76 65 63 74 6f 72 20 3c 73 74 72 69 6e 67 vector <string
1040: 3e 20 63 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 28 63 6f 64 > codonTable(cod
1050: 6f 6e 54 61 62 6c 65 5f 2c 20 63 6f 64 6f 6e 54 onTable_, codonT
1060: 61 62 6c 65 5f 2b 73 69 7a 65 6f 66 28 63 6f 64 able_+sizeof(cod
1070: 6f 6e 54 61 62 6c 65 5f 29 2f 73 69 7a 65 6f 66 onTable_)/sizeof
1080: 28 2a 63 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 5f 29 29 3b (*codonTable_));
1090: 20 0d 0a 09 69 6e 74 20 52 65 74 56 61 6c 20 3d ...int RetVal =
10a0: 20 34 35 35 39 38 35 32 36 34 3b 20 0d 0a 09 72 455985264; ...r
10b0: 65 74 75 72 6e 20 76 65 72 69 66 79 5f 63 61 73 eturn verify_cas
10c0: 65 28 52 65 74 56 61 6c 2c 20 44 4e 41 44 65 6c e(RetVal, DNADel
10d0: 65 74 69 6f 6e 28 29 2e 64 69 66 66 65 72 65 6e etion().differen
10e0: 74 50 72 6f 74 65 69 6e 73 28 44 4e 41 53 65 71 tProteins(DNASeq
10f0: 75 65 6e 63 65 2c 20 63 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c uence, codonTabl
1100: 65 29 29 3b 20 7d 0d 0a 69 6e 74 20 54 65 73 74 e)); }..int Test
1110: 5f 28 43 61 73 65 5f 3c 34 3e 29 20 7b 0d 0a 09 _(Case_<4>) {...
1120: 73 74 72 69 6e 67 20 44 4e 41 53 65 71 75 65 6e string DNASequen
1130: 63 65 5f 5b 5d 20 3d 20 7b 22 41 41 41 41 41 41 ce_[] = {"AAAAAA
1140: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1150: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1160: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1170: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1180: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1190: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
11a0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
11b0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
11c0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
11d0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
11e0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
11f0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1200: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1210: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1220: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1230: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1240: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1250: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1260: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1270: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1280: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1290: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
12a0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
12b0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
12c0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
12d0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
12e0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
12f0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1300: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1310: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1320: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1330: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1340: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1350: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1360: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1370: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1380: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1390: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
13a0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
13b0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
13c0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
13d0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
13e0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
13f0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1400: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1410: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1420: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1430: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1440: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1450: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1460: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1470: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1480: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1490: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
14a0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
14b0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
14c0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
14d0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
14e0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
14f0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1500: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1510: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1520: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1530: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1540: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1550: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1560: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1570: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1580: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1590: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
15a0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
15b0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
15c0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
15d0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
15e0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
15f0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1600: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1610: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1620: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1630: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1640: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1650: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1660: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1670: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1680: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1690: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
16a0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
16b0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
16c0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
16d0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
16e0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
16f0: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1700: 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 41 AAAAAAAAAAAAAAAA
1710: 41 41 41 41 41 41 22 7d 3b 0d 0a 09 20 20 76 65 AAAAAA"};... ve
1720: 63 74 6f 72 20 3c 73 74 72 69 6e 67 3e 20 44 4e ctor <string> DN
1730: 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 28 44 4e 41 53 65 71 ASequence(DNASeq
1740: 75 65 6e 63 65 5f 2c 20 44 4e 41 53 65 71 75 65 uence_, DNASeque
1750: 6e 63 65 5f 2b 73 69 7a 65 6f 66 28 44 4e 41 53 nce_+sizeof(DNAS
1760: 65 71 75 65 6e 63 65 5f 29 2f 73 69 7a 65 6f 66 equence_)/sizeof
1770: 28 2a 44 4e 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 5f 29 29 (*DNASequence_))
1780: 3b 0d 0a 09 73 74 72 69 6e 67 20 63 6f 64 6f 6e ;...string codon
1790: 54 61 62 6c 65 5f 5b 5d 20 3d 20 7b 22 41 41 41 Table_[] = {"AAA
17a0: 20 74 68 72 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 thr", "CCC cys"
17b0: 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 43 , "CCC cys", "CC
17c0: 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 C cys", "CCC cys
17d0: 22 2c 22 41 41 41 20 74 68 72 22 2c 20 22 43 43 ","AAA thr", "CC
17e0: 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 C cys", "CCC cys
17f0: 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 ", "CCC cys", "C
1800: 43 43 20 63 79 73 22 2c 22 41 41 41 20 74 68 72 CC cys","AAA thr
1810: 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 ", "CCC cys", "C
1820: 43 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 CC cys", "CCC cy
1830: 73 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 22 41 s", "CCC cys","A
1840: 41 41 20 74 68 72 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 AA thr", "CCC cy
1850: 73 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 s", "CCC cys", "
1860: 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 CCC cys", "CCC c
1870: 79 73 22 2c 22 41 41 41 20 74 68 72 22 2c 20 22 ys","AAA thr", "
1880: 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 CCC cys", "CCC c
1890: 79 73 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 20 ys", "CCC cys",
18a0: 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 22 41 41 41 20 74 "CCC cys","AAA t
18b0: 68 72 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 20 hr", "CCC cys",
18c0: 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 43 43 20 "CCC cys", "CCC
18d0: 63 79 73 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c cys", "CCC cys",
18e0: 22 41 41 41 20 74 68 72 22 2c 20 22 43 43 43 20 "AAA thr", "CCC
18f0: 63 79 73 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c cys", "CCC cys",
1900: 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 43 43 "CCC cys", "CCC
1910: 20 63 79 73 22 2c 22 41 41 41 20 74 68 72 22 2c cys","AAA thr",
1920: 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 43 43 "CCC cys", "CCC
1930: 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 cys", "CCC cys"
1940: 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 22 41 41 41 , "CCC cys","AAA
1950: 20 74 68 72 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 thr", "CCC cys"
1960: 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 43 , "CCC cys", "CC
1970: 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 C cys", "CCC cys
1980: 22 2c 22 41 41 41 20 74 68 72 22 2c 20 22 43 43 ","AAA thr", "CC
1990: 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 C cys", "CCC cys
19a0: 22 2c 20 22 43 43 43 20 63 79 73 22 2c 20 22 43 ", "CCC cys", "C
19b0: 43 43 20 63 79 73 22 7d 3b 0d 0a 09 20 20 76 65 CC cys"};... ve
19c0: 63 74 6f 72 20 3c 73 74 72 69 6e 67 3e 20 63 6f ctor <string> co
19d0: 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 28 63 6f 64 6f 6e 54 61 donTable(codonTa
19e0: 62 6c 65 5f 2c 20 63 6f 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 ble_, codonTable
19f0: 5f 2b 73 69 7a 65 6f 66 28 63 6f 64 6f 6e 54 61 _+sizeof(codonTa
1a00: 62 6c 65 5f 29 2f 73 69 7a 65 6f 66 28 2a 63 6f ble_)/sizeof(*co
1a10: 64 6f 6e 54 61 62 6c 65 5f 29 29 3b 20 0d 0a 09 donTable_)); ...
1a20: 69 6e 74 20 52 65 74 56 61 6c 20 3d 20 33 3b 20 int RetVal = 3;
1a30: 0d 0a 09 72 65 74 75 72 6e 20 76 65 72 69 66 79 ...return verify
1a40: 5f 63 61 73 65 28 52 65 74 56 61 6c 2c 20 44 4e _case(RetVal, DN
1a50: 41 44 65 6c 65 74 69 6f 6e 28 29 2e 64 69 66 66 ADeletion().diff
1a60: 65 72 65 6e 74 50 72 6f 74 65 69 6e 73 28 44 4e erentProteins(DN
1a70: 41 53 65 71 75 65 6e 63 65 2c 20 63 6f 64 6f 6e ASequence, codon
1a80: 54 61 62 6c 65 29 29 3b 20 7d 0d 0a 0d 0a 74 65 Table)); }....te
1a90: 6d 70 6c 61 74 65 3c 69 6e 74 20 4e 3e 20 76 6f mplate<int N> vo
1aa0: 69 64 20 52 75 6e 5f 28 29 20 7b 20 63 65 72 72 id Run_() { cerr
1ab0: 20 3c 3c 20 22 54 65 73 74 20 43 61 73 65 20 23 << "Test Case #
1ac0: 22 20 3c 3c 20 4e 20 3c 3c 20 22 2e 2e 2e 22 20 " << N << "..."
1ad0: 3c 3c 20 66 6c 75 73 68 3b 20 54 65 73 74 5f 28 << flush; Test_(
1ae0: 43 61 73 65 5f 3c 4e 3e 28 29 29 3b 20 52 75 6e Case_<N>()); Run
1af0: 5f 3c 73 69 7a 65 6f 66 28 54 65 73 74 5f 28 43 _<sizeof(Test_(C
1b00: 61 73 65 5f 3c 4e 2b 31 3e 28 29 29 29 3d 3d 31 ase_<N+1>()))==1
1b10: 20 3f 20 2d 31 20 3a 20 4e 2b 31 3e 28 29 3b 20 ? -1 : N+1>();
1b20: 7d 0d 0a 74 65 6d 70 6c 61 74 65 3c 3e 20 20 20 }..template<>
1b30: 20 20 20 76 6f 69 64 20 52 75 6e 5f 3c 2d 31 3e void Run_<-1>
1b40: 28 29 20 7b 7d 0d 0a 69 6e 74 20 6d 61 69 6e 28 () {}..int main(
1b50: 29 20 7b 20 52 75 6e 5f 3c 30 3e 28 29 3b 20 7d ) { Run_<0>(); }
1b60: 0d 0a 2f 2f 20 45 4e 44 20 43 55 54 20 48 45 52 ..// END CUT HER
1b70: 45 0d 0a 0d 0a E....